前中研院院長李遠哲和三位獨派大老，發表公開信呼籲總統蔡英文放棄連任，不過其實一直到2015年，李遠哲都還公開替蔡英文站台，他還曾經稱讚蔡英文，是非常優秀的人，如今態度大轉變。獨派人士就點出轉捩點在蔡總統「放行管案」。但藍營也酸，獨派硬要蔡英文「拔管」害得民進黨大選慘敗，現在卻要切割蔡英文，很不厚道。
李遠哲一改平常嚴肅，穿上球鞋難得幽默地說要跳得高讓蔡英文票衝高，當年他是這樣地挺。2012年總統大選前更是這樣大讚蔡英文。說他是非常優秀的人，比別人還要好，還說她做事明快不拖泥帶水，具備協調能力。但到了2016年蔡英文就任前，李遠哲的態度就開始有轉變。
對蔡英文執政的不滿持續累積，呼籲蔡英文放棄連任的公開信前。傳出元旦那天總統找了10多位中研院士到官邸座談，當中包括李遠哲，他指責台大校長案處理不當，說要請辭總統府資政。總統當場回嗆說我到底做錯什麼，李遠哲說，妳不讓管碧玲做教育部長，找葉俊榮這就錯了。
火爆對話，李遠哲辦公室不回應，總統府發聲明說相關內容多所謬誤，但也說總統一直，有在聽各方意見，沒否認和李遠哲見面。
被點名的立委管碧玲在臉書發文強調沒個人利益，心中沒委屈。獨派人士就說，放行管案是引爆李遠哲反英的最後一根稻草，對手陣營也幫腔。
國民黨北市議員羅智強：「(李遠哲)跟獨派一起施壓蔡英文，綁架蔡英文讓她去拔管，造成蔡英文大敗，現在他站出來要去切割蔡英文，我覺得是很不厚道的事情。」
藍營說李遠哲每次大選都搶著當推手，對他挺出來的民進黨總統也搶著落井下石。
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