究竟普悠瑪自動防護系統ATP是否故障，還是被司機關閉，現在成了肇事釐清的重點，光是關閉ATP其實不見得會發生這麼大的意外，很可能還有過彎地形以及超速問題加乘，種種環節都有待釐清，而ATP若是被關閉，台鐵第一時間在記者會上說，是司機可以決定不須通報，後來又改口有一定流程，說法反覆，也讓真相更加模糊。
台鐵局局長(電話訪問)：「初步看起來是不排除他有關閉ATP的可能，因為這牽涉層面，我們必須要很慎重，所以我們要調，他跟我們調度員的通聯紀錄。」
究竟是先故障才關，關了才故障，關掉的時間點，台鐵還在查證，僅說不排除，關閉ATP流程繁複，ATP全名是列車超速防護系統，猶如防呆裝置，鐵道專家說，ATP能夠計算列車位置，包含加速、減速、煞車，都能夠被限制，但關不關閉究竟是誰來控制。
台鐵局第一時間在記者會這樣說，司機可以自行決定關閉免通報，但事後詢問台鐵細節，又表示其實有一定SOP，對外說法相當反覆，得要通報行控中心 主任調查員，可以決定停駛或是不停駛，若真是司機可決定，動輒影響300多人行程的判斷，司機承擔的心理壓力也實在過大。
從高空圖來看，新馬站月台前有300公尺彎道，ATP系統等於防呆裝置，普悠瑪最高時速可達150公里，雖然台鐵列車行駛限速130公里，但ATP一旦被關掉或故障，就可能達到140公里時速，一般來說關閉ATP後，各站要落實應答機制。
台鐵局局長鹿潔身：「通報是在他過程當中，再來它中間如果有異常，他就會通報。」
當下趕往現場處理，平面媒體報導台鐵局長鹿潔身，事發當晚已向交通部長吳宏謀口頭請辭，對此當事人予以否認「請辭」，現在就等調查小組還原關鍵原貌。
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