隨著觀塘三接案通過，深澳電廠停建，但政治爭論並未消失，反而在賴清德與朱立倫間開始狂燒。朱立倫先是在臉書發文，指稱深澳電廠「2007年就除役，2010年的排碳量已經是0，還能怎麼減碳？」並在16日指責執政黨推卸責任。行政院對此特別在16日晚間發布新聞稿，拿出公文回擊朱立倫，要他別為了選舉而昨是今非。
賴清德一席觀塘案若通過，可取代深澳電廠的說法，被解讀為犧牲桃園，以交換新北勝選，至今在政壇餘波盪漾。就在觀塘案通過後，政院隨即宣在12日布深澳電廠停建。朱立倫13日在臉書上發文，對於行政院發出的公文中提到當時深澳電廠擴建是由他核定，感到非常不解。
朱立倫表示，行政院提出的會議紀錄，「只是證明朱立倫長期注重節能減碳，正在營運的機組，我要求提升效率，降低排碳量；但深澳電廠早於2007年就除役，2010年的排碳量已經是0，還能怎麼減碳？」
朱立倫還提到，「網路上還有台電公開的新聞稿，2010年深澳電廠所編列的預算，只用在舊有機組的拆除作業，沒有任何開發行為，難道沒有幕僚提醒賴院長這一點嗎？」並在16日受訪時批評執政黨在推卸責任。
行政院在16日晚間發出4點新聞稿回擊，文中提到朱立倫當年在會議中的裁示非常值得肯定，「實在不應昨是今非，為了一時選舉，否定自己曾經做過的裁示」，並列舉公文證實，深澳電廠並沒有廢止，而是在經濟部提出下才「緩辦二年」，因此從2016年10月份，緩辦期滿後，重新啟動該案還差分析。
文稿中強調，整個深澳電廠案，歷經政府改朝換代，無論是民進黨或國民黨執政，直到日前賴清德宣布前，都沒有廢止過。「朱市長的發言與行政院基於歷史文件、事實根據所進行的相關說明，是就公共政策的理性討論，可受公評。我們也欣見朱市長與新北市府願意坦誠面對，肯認相關事實。」
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