總統賴清德執政後，肅貪第一刀砍向同黨的前海基會董事長鄭文燦，接著輪到民眾黨創黨主席柯文哲，外界質疑司法檢調被授權「開綠燈」，揮刀砍向政壇要角。儘管賴清德當時重申，不分政黨、不問何人，只要有證據就依法偵辦，然而「司法雙標、檢調濫權、黨檢媒一體、選擇性辦案」等質疑聲不斷，藍白在野兩黨紛紛批評司法公信力蕩然無存。
從鄭文燦到柯文哲 「開綠燈」還是「政治清算」？
肅貪、打擊犯罪值得肯定，然而，國民黨立委翁曉玲點名，超思蛋、高端疫苗等蔡政府時期的弊案都不了了之，如今也未見積極偵辦，反而整肅對象多屬政敵，偵辦檢察官也的確都升官了。民眾黨團總召陳清龍說，「只辦在野、不辦綠」的印象深植人心，檢調成為執政黨打壓異己的工具。
針對柯文哲偵查過程與案情頻頻洩漏，民間司改會也曾提出9大疑問，質疑長達4個月的偵查過程持續「偵查大公開」，在起訴前最後一刻，媒體仍能精準掌握起訴情形，甚至媒體報導與起訴事實相符，還皆由特定媒體獨家取得。政大法學院副教授李聖傑也認為，偵查體系一直未能改進的事情就是偵查不公開。
對此，民進黨立委蔡易餘認為，不論藍、綠、白，只要涉及違法都會被偵辦，但他仍希望檢察官辦案時能秉持客觀態度，依據證據與事實辦案，盡量減少被外界干預的情形。
律師葉慶元在立法院公聽會提問，當面對每年數十位檢察官辭職，尤其是資深檢察官，為什麼在做了十幾二十年後要離開檢察體系，決定當律師或轉任法官，檢察體系營造什麼樣的工作環境，讓資深檢察官覺得已經找不到榮譽感，反而不想玩了？
憲法法庭僵局 法律高度淪政治工具？
司法高層的人事安排被視為掌控司法走向，是最隱蔽也是最有效的「脊梁」。大法官與憲法法庭決定「憲法解釋」的高度，而總統掌握大法官提名權，決定了國家最高層級的法律價值取向。然而，自2024年11月起只剩8位大法官，賴政府兩次提名的大法官人選全遭立法院封殺。
「審查標準跟過往相同」，國民黨立委吳宗憲曾解釋，包括大法官被提名人是否有基本法律常識、擔任大法官後是否知道應該做什麼，會不會淪為造法者，以及被提名人是否有「對執政黨說不的勇氣」，都是立法院的審查重點。
對於憲法法庭僵局，3位少數派拒評議的大法官也提出解決之道，就是依憲法程序補足缺額，但至今未見總統第三次提名大法官人選。翁曉玲指出，法律學者或法官人才濟濟，賴清德忽略多元意見不再提名，兩年多來靠著意志執政，面對三讀通過的5部法律，賴總統未依憲法規定公布，不認輸也不妥協「非常糟糕」。
憲法法庭停擺一年之久後，謝銘洋五位多數派大法官仍強勢判決修正後的《憲法訴訟法》違憲，引發法界對於「憲法法庭代表性」不足的強烈質疑。即使5人判決受到質疑，後續仍做出4件對結果較無影響的判決試水溫。法界解讀，大法官在試探、踩底線，等大家習慣、麻木後再達成後續的政治目的。
技術性代理架空人事權 檢察獨立的黃昏？
此外，賴清德提名最高檢察署主任檢察官徐錫祥為下一任檢察總長，但該人事案也被在野黨立委於今年5月5日否決。邢泰釗5月7日卸任的最後一刻，總統府仍發出派令，指定徐錫祥代理檢察總長，引發法界譁然。曾任司改國是委員的高檢署主任陳宏達認為，賴清德的堅持，會產生以合法形式迴避憲政制衡之「脫法行為」疑義。
吳宗憲質詢時也直呼，「賴總統說干預司法的時代已經過去，但在我看來，行政實質控制司法的時代才剛開始」。司改會則認為，指定被否決者代理檢察總長，等同變相架空人事同意權；將「代理制度」作為政治籌碼，將損害檢察公信。
對於檢察界人事，陳宏達直指核心問題「檢察體系究竟是國家法治的守門人，還是政治權力可隨時調度的工具？」他認為，如有人把政治的風向，誤認為司法的方向；把權力的靠攏，包裝成制度的歷練；把檢察官的獨立脊梁，折成執政者手中的便利工具。當檢察高層開始以政治信任取代專業評價，以模糊邊界取代制度中立，以人事布局取代法治原則，檢方的公信力便不是被外人摧毀，而是被自己人一刀一刀剁掉。
陳宏達警示，一旦檢察權不再讓人民相信其獨立，起訴就會被懷疑是政治追殺，不起訴也會被懷疑是政治放水；無論結果如何，司法都輸了。
司法獨立審判是國人長期以來的期待，然而從矚目政治案件、偵查手段比例性到司法界人事安排，國內質疑聲浪不斷。在總統賴清德執政兩年週年後，國人對於司法的信任度是否提升？《TVBS》本月公布最新民調指出，國人對於賴政府推動司法改革的表現有55%不滿意、明顯高於滿意的31%，且民眾對司法改革評價滿意度是11項施政中最低，不滿意度則排名第二，顯示民眾未感受到司法改革成果。
