很多黑戶寶寶因無台灣戶籍，無法享有和台灣新生兒一樣的基本醫療保障。關愛之家創辦人楊婕妤說，2016年，一名印尼籍的男嬰木木（化名）被一名包頭巾的女子丟棄在育幼院門口，臍帶都還沒剪，人就跑了，關愛之家接手照顧，木木9個月大時，感染了肺炎鏈球菌，送醫急救無效，在一天內就離世，當時木木沒有健保身分，百萬的醫療費用，也讓關愛之家承擔沉重的負擔。
黑戶寶寶遭棄 感染肺炎鏈球菌離世
楊婕妤回憶，該名遺棄男嬰後來因感染肺炎鏈球菌，送醫急救仍不幸離世，因黑戶寶寶沒有寶寶手冊，生母失聯，沒有健保身分，醫療費用動輒就是破百萬，不僅如此，他們也無法得知寶寶們的疾病史，無法提前準備做最好的防範和打疫苗。不過經過木木的事件，關愛之家向衛生福利部疾病管制署反映，經跨部門會議後，調整相關政策，終促成黑戶寶寶可申請兒童健康手冊，讓他們得以接受健保醫療，和打疫苗的基本權利，也讓大人早些知道寶寶的狀況，減少釀成重病，發生遺憾。
長愛育幼院的院長吳文輝也補充，他們育幼院也有收置黑戶寶寶，有一次孩子得了小感冒，他趕緊帶去看醫生，沒想到掛號費用竟然1800元，讓他目瞪口呆。他們才明白原來黑戶寶寶的醫療資源是很昂貴的，後來吳文輝和雲林縣政府反映，縣政府有收到他的回饋，協助幫黑戶寶寶拿到一張外僑居留證，大約兩年效期，讓他們目前有健保卡，可以享有健保，但是他擔心，過了2年後，是否能繼續延續居留證和使用健保，仍是未知的課題。
吳文輝補充說，全台灣千名黑戶寶寶，首先他們的醫療費用昂貴，倘若生了大病，治療費用更是無法想像，黑戶寶寶的國籍問題，全台至少超過1000個，3到5年找不到生母，透過棄嬰協尋超過6個月，若是找不到，就會被送進來棄嬰系統協尋，協尋不到的生父母，就會變成了無國籍人球，也沒有健保身分。
身分未定可就學 「寄讀」領嘸畢業證書
根據我國《兒童及少年福利與權益保障法》，在台出生未辦理戶籍登記或未取得居留、定居許可之非本國籍兒童、少年，由衛生福利主管機關會同相關機關協助辦理有關戶籍登記、歸化、居留或定居等相關事項者，於戶籍登記完成前或取得居留、定居許可前，其就學權益事項，依所在地之直轄市、縣（市）主管機關，應就其年齡、學習能力及其他因素評估後，分發學校並編入適當年級、班級就讀。雖然黑戶寶寶還是可以寄讀入學，但吳文輝點出，專案方式上學，沒有學籍也領不到畢業證書，只能拿到同等學歷證明，未來升學或就業都將面臨更大挑戰。且吳文輝更擔心，這些黑戶寶寶18歲成年後，少了《兒童及少年福利與權益保障法》的保障，不管是繼續讀書或是就業，恐因國籍問題被社會邊緣化，或是在成長過程中遇到危險被消失了，甚至衍生犯罪等，成為社會問題，查不到人，永遠無國籍，恐成為了專案以外的漏洞。
立法委員林月琴分享，以前移工在台產子是不合法的，她記得多年前，嘉義有移工產子，找台籍保母幫忙帶孩子，結果移工媽媽失聯，只剩下孩子，警方還去幫助協尋母親，以前只要有移工懷孕，就必須要隨母遣返，後來修法，且社福團體介入幫助，讓移工媽媽可以邊留在這邊工作，同時也能照顧孩子。
林月琴希望，在台灣不要因為父母或是國籍而有所區別，站在《聯合國兒童權利公約》的角度，黑戶寶寶也應該要享有台灣孩子可以擁有的基本權利，像是健保、就學等，而移工媽媽也可以擁有育兒津貼補助，減少差別待遇。
