這次太魯閣號事件，隧道佔了很大的關鍵，事件發生之後，為了確保隧道結構安全，16名專業技師進駐，全力地來檢測。專家也建議台鐵能加裝監測系統，把隧道安全做到最高標準。蘇揆也說了，在無法確認隧道結構安全的情況之下，絕對不會通車。
普悠瑪太魯閣呼嘯而過，穿越山洞而行，北迴線東部幹線，有許多老舊隧道，甚至很多是超過四五十年以上歷史，而這回太魯閣號事件，隧道成了關鍵。
鐵路隧道工程邊坡專家(台大教授)王泰典：「慣性力太大這個能量，必須要透過車廂的變形，或者跟隧道壁的摩擦來抵銷，這樣都會造成旅客的傷亡，而且這個空間太狹隘也影響救災，所以隧道這個狹隘的空間肯定是個大因素。」
土木技師公會常務監事丘達昌：「幾乎所有的行車隧道，都是以混凝土結構為主要的材料，混凝土材料它本身有固定的使用壽命另外一方面隧道本身並不是暴露在外面，基本上它裡面是維持的程度會相對比較久，即使久了之後我們還是有必要，像我們人去做健康檢查一樣，再去把它檢查一次。」
土木技師公會共16人組成團隊，評估花蓮清水隧道受損狀況，從南北2個路口進去，先就步行範圍初步目測隧道內部，有部分鋼筋土石破裂，事故只對隧道體產生擦撞行為，未來將更仔細進一步目測，以及用精密儀器斷面測量。
土木技師公會常務監事丘達昌：「本身裡面如果有鋼筋的話，鋼筋的腐蝕還有混凝土本身是不是裂化，這方面都應該去針對，存在比較長遠久遠的隧道做一次體檢，那如果有一些裂縫的話呢，我們可以做灌注的方式去做填補，這個在混凝土工程技術方面，有相當多的工法可以供我們參考，它的健康檢查結果，如果是不同的症狀的話，可以用不同的去補足。」
檢查結構的同時專家建議交通部，能安裝監測系統，確保隧道斷面潛在性變位做精確監測，蘇揆表示，清水隧道年代較久且經過強烈撞擊，要由專業技師公會現場專業檢查，確保結構安全才會通車，若無法確定安全就不會通車。
銘傳大學都市規劃與防災教授馬士元：「隧道設計未來有沒有改善空間，我想是有就是說，比如說隧道壁的角度，我們有看到有一些隧道，它本身會做一些傾斜角，傾斜角可能會對萬一如果出軌，在隧道附近出軌的列車，它可能會有一些保護作用，設計隧道這一塊，他們有一些先進國家的經驗，怎麼樣讓列車出軌，跟隧道之間發生碰撞的時候，可以降低它的損失。」
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