對於水電瓦斯管理費，外界質疑，為何規模大的長庚醫院約2500萬，但慈濟卻超過2億！醫界人士是因為財報算法不同，長庚的水電費應該是6億，是慈濟的3倍，醫改會指出，財團法人醫院，財報沒有按照準則申報，問題最大的是衛福部沒有好好監督。
翻開慈濟醫院101年度財務報表，媒體人徐嶔煌認為，慈濟醫院的業外投資標的「怪怪的」。
媒體人徐嶔煌：「慈濟買很多是股票型基金，股票型基金漲跌幅就比較大，醫院操作理論上應該是穩健操作，不應該做這種波動幅度比較大，慈濟當初購進來的(金融資產)成本是4億5千多萬，可是(101年度)只剩多少，只剩4億，等於帳面上虧損5千6百多萬。」
慈濟醫院101年度有多筆金融資產投資，其中花了約760萬買花旗股票，價值剩430萬，花了一億買瑞銀亞洲全方位不動產基金，價值剩7052萬，對於外界指稱炒股炒到賠錢，慈濟醫院回應，醫療財團法人醫院在財務規劃及運用上，基於永續發展的考量，大多持有股票、基金。慈濟醫療志業持有的基金、股票，僅占衛福部許可投資總額之2.45%，比例相當低，而且均以長期持有為原則，絕無投機炒股，而對於引發爭議的水電瓦斯管理費，在100年的財報裡面，規模比慈濟大的長庚醫院是2498萬，慈濟是2.1億元，對此醫改會指出，問題更大的是主管機關衛福部。
醫改會研究員沈珮涵：「衛福部就說，他們(財團法人醫院)編在不同地方，沒有按照財報編制準則去編，這個部分就會變成大家有不同比較的基礎，衛福部他允許這樣的情況發生嗎？」
慈濟醫院解釋，他們是把全部水電瓦斯費，申報在同一項目，算出來是2.1億，但長庚是分散申報，加總起來其實是6億，財團法人醫院財報亂象由來已久，因為監督機制失靈。
醫改會研究員沈珮涵：「財團法人醫院的規模，並沒有上市公司還小，但是卻可以不用有『監察人』，(醫院)董監事常常是同一批人，或者是國王人馬。」
媒體人徐嶔煌：「很多大型醫院是有『研究計畫』編列的，在這個部分其實可以灌很多東西進去，因為細目基本上你也查不到。」
醫改會表示，非營利醫院監督，美國要求每年申報規定嚴格的990報表，日本也要求資料公開上網，而且在美國或日本，民眾都可以申請調閱，但台灣卻都沒有嚴格規定。
醫改會研究員沈珮涵：「如果說今天沒有一個好好的管理，加上法規又不夠明確和鬆散，財報科目之間是有很多玄機，關係人交易可能會有很多爭議。」
醫改會表示，財團法人醫院賺得錢不輸給上市櫃公司，還可以在財報動手腳，不用繳稅，醫改會呼籲衛福部要善盡監督職責，醫院才不會成為財團或團體賺錢的工具。
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