疫苗採購資料被衛福部認定為是機密文件，且要封存30年，要到2051年2月25日才能解密，備受爭議。國民黨台北市議員徐巧芯反批，「日本就有公布相關文件」，連平均每劑疫苗的花費都算得出來，對此指揮中心指揮官王必勝，今天一早，在指揮中心召開記者會澄清，強調日本是用總預算下去算，這包括不同品牌、每劑的量也不一樣，要這樣算大家都算得出來。指揮中心發言人莊人祥指出，扣除捐贈的，今年年底總共差不多購買5351萬劑，總共花了408.6億元，除下來每劑大約是765元。
徐巧芯20日在臉書發文指出，日本政府財務省今年四月就公布，疫苗採購及包括配送到全境等費用，已向美國輝瑞、莫德納、Novavax和英國AZ，採購共8億8200萬劑COVID-19疫苗，共編列約2兆4000億日圓預算，單純試算平均每劑約花費2700日圓（平均每劑622元台幣）。
王必勝反駁，沒有簽合約的人會公告合約內容，這些都是保護之下，日本政府有公告資訊，大概都是編列的疫苗總預算、買多少隻，這些我們也有公布，在衛福部官網也有，甚至公佈到七月底執行數字多少，是對等資料，這些都是有的。至於日本，王必勝解釋，日本是用總預算下去除，但這總預算不只是採購費用，還包括管銷、注射等等，所以算出來也只代表疫苗平均一劑是多少錢。
媒體追問，那台灣是否也能用相同的方式算出一劑價格？莊人祥補充，今年年底總共差不多購買5351萬劑，這部分是扣除捐贈的，總共花了408.6億元，所以除下來每劑大約是765元。
王必勝強調，即使鴻海、慈濟、台積電也沒去公開一隻多少錢，日本公布的價格，包括不同品牌、每劑的量也不一樣，要這樣算大家都算得出來。
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