Omicron 變異株讓桃園機場發生群聚事件，且機組員也發生突破性感染讓邊境拉警報，民航局多次要求國內航空業者快讓機組員接種第三劑，而他們又是優先打疫苗的族群，多接種AZ、莫德納，卻有國籍航空組員指出，近期由公司安排預約莫德納疫苗卻變成BNT，如果不願意就得自行去外面打，質疑明明指揮中心陳時中也能公開建議第三劑打同廠牌，對此協助國籍航空施打疫苗的部立桃園醫院表示，是經醫師提出文獻證據顯示第三劑混打BNT保護力更高，該國籍航空也同意才會變更疫苗廠牌。
第10批自購莫德納疫苗於18日到貨，效期到2022年1月24日，也就代表著今年自購超過609萬劑全數到貨。指揮中心也於12月24日起開放滿18歲、間隔5個月就可以預約接種第三劑加強針，且莫德納、BNT、高端疫苗全都可以自己選擇。
由於機組員是最早開放接種新冠疫苗的族群，大多接種2劑AZ疫苗，或是2劑莫德納疫苗。民航局也積極發文給國內航空業者盡速讓前後艙機組員接種第三劑疫苗。
然而卻有國籍航空機組人員接到通知：「親愛的組員，臨時接獲職安室通知，前1月10日、1月11日兩梯次於公司接種第三劑改為BNT疫苗，為尊重個人意願，若組員第三劑無意願接種BNT疫苗者，請於1月6日中午前來信取消，因1月其他梯次已滿，取消1月10日、1月11日兩梯次者將依2月份班表結構後續安排，若組員依自己的班表結構，不影響飛行與待命勤務欲自行於外部醫療院所預約接種，請於預約接種前3個工作日主動聯絡。」
有組員認為，過去指揮官陳時中曾建議第三劑可和前兩劑同廠牌，為何會臨時改成只有BNT可打？再加上有值勤就會處於自主健康管理期，容易遭到部分醫療院所、診所拒絕進入掛號，恐怕衝擊接種意願。
該國籍航空回應，目前第三劑前、後艙接種比率約2成5，近期也正密集安排機組人員接種，施打什麼疫苗由協助施打的部桃建議跟提供。
部桃則回應，醫院長期協助國門防疫，也會擬定防疫策略，經醫師提出國際期刊及研究狀況，認為混打BNT可以更有效提升抗體量，長榮航空職案室也同意，因此才改打BNT，但仍以接種者意願為主。
對此，指揮中心莊人祥表示，因地方衛生局都會調查各醫院的疫苗需求，可能先前配了一批，不清楚是否因接種意願提高，導致有些短缺，但疫苗是足夠的，只要提出需求就會立刻配發。
莊指出，改打BNT疫苗有可能是該醫院醫師自行的建議，但如空服人員想打莫德納，確實該尊重個人意願，盡量符合空服員需求，將會與桃園醫院反應、了解一下實際狀況。
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