機師群聚感染還在延燒，而其中有一名確診者是居住在北市某國宅社區，但在檢疫期間，市府、基層民政單位似乎都不知情，直到確診後才收到消息，這也讓市長柯文哲批評太詭異，因為機師名單在交通部，這樣地方政府第一時間無法掌握，很可能就成為了防疫破口，不過，指揮中心也回應，表示在檢疫隔離期間，依照程序都會通報給民政單位，也讓各界質疑到底是哪個環節出了疏漏？
在每個社區大樓出入口，擺放酒精，讓住戶可以隨時消毒，還有電梯按鈕、地板定時清潔，防疫滴水不漏。
台北市里長石忠勝：「像我們這邊都有疫情通報。」
台北市里長石忠勝：「5/3防疫單位就把他太太，跟兩個孩子一起送去隔離，那我們住戶發現，馬上來跟我通報，在這個時間點我們才知道。」
記者劉俐均：「這次居家檢疫管理引發外界批評很混亂，像是北市有社區傳出確診者，不過市府到基層的民政系統，第一時間都沒有收到檢疫者資訊，等到確診之後才收到消息，這也是因為航空的從業人員名單是在交通部，屬於特殊身分，第一時間沒有通報給地方政府，才會導致有時間差，不過到底居家檢疫管理的權責該怎麼分配？」
台北市里長石忠勝：「一般的國人他是入境之後，透過民政系統我們通知到，我們要求里幹事早上晚上，都會跟他聯繫。」
指揮中心指揮官陳時中vs.發言人莊人祥(05.05)：「應該是(通知)里幹事，我說明一下，因為他這是居家隔離的個案，所以居家檢疫的話，通常民政的單位會知道；但他這是居家隔離個案，是由這個地方衛生局，他們來做了解，民政單位知道吧，他要關懷。」
指揮中心似乎也沒掌握到民政單位通報到哪一層級，但依照傳染病防治法，中央主管機關負責擬定政策計畫，地方政府遵從實施，一般居家檢疫基本上由地方來執行。
這讓台北市長柯文哲批防疫規範很弔詭，因為現行的規範，像是航空從業人員名單在交通部，外國移工在勞動部，外國留學生在教育部，當地縣市政府反而沒有這些特殊身分的居家檢疫者名單。
台北市長柯文哲(05.06)：「一開始那個機組人員散在社區裡面，我也不曉得，保密實在太好了。」
台北市議員(國)汪志冰：「因為你縱使機師也好學生也好，或者是勞工也好，他都必須要在當地的縣市政府活動，把台北市政府置身於一個無知不知的狀態，然後市民必須要靠運氣來防疫的話，那我覺得真的是更恐慌。」
台北市議員(民)洪健益：「未來的機組人員只要是居家自主管理，或是居家檢疫的這部分，你相同的資料情資，都必須要給地方政府一份，那同時如果發生確診，兩個單位都知道，如果說你給地方政府一份，地方政府其實他是一樣去關懷，而不要只受限於民航局所管理。」
像機組人員這些特殊身分，在居檢名單掌握後，依照標準通報流程，指揮中心就會通知地方民政系統，系統運行已久，但地方政府卻說沒收到，中間是誰的疏漏？還是螺絲鬆了？不只居家檢疫實行亂了套，自主健康管的標準、似乎也有漏洞。醫師陳志金在臉書PO文，去年12月，一名菲律賓籍女性在自主健康管理首日約9名友人吃火鍋，事後確診，雖然遭到開罰，但是自主健康管理，怎麼管，完全是自主決定。
專家強調，發現問題就要調整，不管是中央或是地方，都應該要立即修正，因為居家檢疫、自主健康管理都是防疫第一道關卡，別讓一步之差，成了病毒突破口。
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