這一次私菸案，引發外界高度關注，但交通部的態度可以說是特別強硬，首先是部長林佳龍，比總統府更先定調，這是走私案，接下來政次，王國材又要求，華航周末加班，把資料都找出來，在周日中午終於公布新一波的數字，專機人員買菸狀況，橫跨陳水扁和馬英九任期，因此目前所統計到的，13年來24次總統專機，就賣出超過24萬條免稅菸。
28日的統計顯示，華航免稅菸品追溯到2006年，包括馬英九時期，10次，共4686條，甚至陳水扁任內就開始，6次，2千條，不過2013年以前包括李登輝時間還有尚未揭露的的，陸續還會再公布，前後加一加，13年來，24次總統專機，免稅菸品已經賣4萬1千904條。華航同時發出內部信，強調是決策主管，法治觀念犯錯。
PO出「關公」像，身為華航最大股東，航發會董事長，也是交通政次的王國材，要華航從實招來。畢竟26日的資料不完整，專機負責人，大多是資深副總，卻兩度出現前董座何煖軒。他只透過簡訊回應，面對這樣的指控，只能無奈以對。
交通部長林佳龍(2019.07.27)：「按照我們法律來看，就是一個走私的案件。」
一直到27日，交通部長林佳龍作詞嚴厲，用「走私」一詞，形容菸案，還說有錯就要改，引發軒然大波，因為在此之前，總統府都定調只是"超買"，被外界解讀是在打臉總統。
國民黨立委許淑華：「也難免會讓人家聯想到，是不是其實在華航的內部，或者是在民進黨的內部，還是有各種不同派系的人馬在爭自己的位置，林佳龍是不是可以適時的鏟除一些，不同派的人馬。」
就是擔心引發民進榜派系互鬥的聯想，交通部之後又發聲明消毒，強調絕對和總統府態度一度。但究竟多少菸、誰知情要負責，就連怎麼查，都牽動政治敏感神經。
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