台南市長賴清德接下行政院長一職，內閣人事也逐步到位，副院長由證交所董事長施俊吉擔任，秘書長則是民進黨副祕卓榮泰，另外原秘書長陳美伶轉任政委並兼任國發會主委，黨產會主委則由國安會諮委林峯正接下，至於國安外交人事傾向不動；對此，具有獨派立場得總統府資政吳澧培表示，雖然失望，但也尊重總統的任命權，至少院長已經換成賴清德。
台南市長賴清德成為準行政院長，日本媒體大篇幅報，導甚至還有英文版這位新任的院長，看來日本對他高度關注，而他的內閣人事也逐步到位。
準行政院副院長施俊吉表示：「我將貢獻我所學以及我的經歷，幫助賴院長。」
財經背景的證交所董事長施俊吉擔任副院長，彌補賴清德得不足，另外還有民進黨副祕卓榮泰轉任政院秘書長，政院異動的還有秘書長陳美伶，除了補足政委缺外，並兼任國發會主委，其他政務委員全部留任。
國安會諮委，同時也是司改國是會議成員的林峯正，接下黨產會主委一職 ，原主委顧立雄改到金管會繼續討黨產，至於其他人事換人機率低，一度傳出可能異動的國安外交人事，目前傾向不動。
總統府資政吳澧培表示：「雖然失望，但也不能怪罪賴院長，因為一部分內閣一定是總統任命的。」
就算不滿也只能接受，而擬留任的部會首長還有文化部長鄭麗君、環保署長李應元、勞動部長林美珠、科技部長陳良基、內政部長葉俊榮、教育部長潘文忠、法務部長邱太三，原本傳出要由朱澤民接下的財政部長，也因為朱澤民不願，現任財長留任機率大，賴清德的新內閣似乎還是以穩定為第一要務。
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