當國際潮流是區隔開海軍與海巡的分工與組織定位，講求的是海軍與海巡如何建構協調機制，海巡署長李仲威卻開倒車，懷著「第二海軍」的夢想，奈何蔡政府認為李仲威是人才，任其大刀闊斧改革過去由警察主導的海巡署。
由民進黨新系力挺、海軍出身的海巡署署長李仲威，雖是國民黨失聯黨員，但具有戰略觀與雄心大略，企圖將海巡署打造成「第二海軍」，引領台灣成為真正的海洋國家。
接任海巡署長一年多來，大力整頓海巡署，署內哀鴻遍野，除了民進黨核心顧問、台大學者姜皇池教授在平面媒體投書，對其「強軍」政策不表贊同外，另有多位海巡退休高官匿名發表文章，指責李仲威的做法將搞垮海巡署，認為蔡英文總統不能讓他這樣胡搞下去。不過，李仲威倒是老神在在，不畏譏言酸語，繼續嚴厲治「署」。
成立以來唯一海軍出身的署長
李仲威上任以來，備受爭議的政策當然不是打算在十年內建造一四一艘海巡船，也不是被稱為「賓拉威」，四處檢查營區內務，而是海巡署自成立以來，一直希望減少軍人員額，回歸真正的海上警察任務。但李仲威趁著「海洋委員會」暫時凍結無法揭牌成立之際，引入海軍人員，逐步取代洋巡與岸巡老舊海巡人員；協調國防部，將海軍艦艇維修能量，分享讓海巡船艦維修，這也讓外傳李仲威想透過大量造艦以圖利造船廠的謠言，在政府資源共享的做法下不攻自破。
海巡署自2000年成立以來，歷經六位署長，其中姚高橋、王郡、王進旺都是警界出身，許惠祐及國民黨立委黃昭順先生王崇儀則是司法界出身，只有李仲威是海軍出身。
海巡署長久以來軍人、警察與文官的多元文化編成，讓歷屆署長頭痛萬分，好不容易行政院組織改造，原訂在二○一六年七月正式揭牌成立的「海洋委員會」，走的是警察與文官路線，打算逐漸淡化軍人角色。
但民進黨立委也在人事安排與組織編成上感受到外界壓力，於是暫緩該委員會成立，這也讓海巡署走向文官化、警察化的夢想破碎，取而代之的是軍事化管理與軍事人員，甚至未來將採用軍事化武器。這樣的做法與國際潮流背道而行，未來海巡署要上不上、要下不下，「第二海軍」恐怕不是美名，而是拖累海巡專業能力的浮誇名詞。
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