國軍防空飛彈指揮部原本直屬於國防部，因應大陸飛彈威脅，3月1日將改隸屬於空軍，且層級從原本的聯兵旅，拉高到「軍級」單位，等同以「飛彈軍」對抗大陸的「火箭軍」，不過軍事專家分析，即使都稱為軍，但對岸是陸海空軍之外的「第四軍種」，層級還是有差別。
解放軍火箭軍：「放！」
大陸解放軍「火箭軍」，接連發射東風11、東風15兩型攻台作戰主力飛彈，對我威脅與日俱增之際，國軍的飛彈部隊著手改制因應。
我國防空主力愛國者三型飛彈，精準攔截來襲目標，目前防空飛彈是由國防部防空飛彈指揮部負責，3月1日開始要拉高層級，目前的飛指部隸屬國防部參謀本部，編階僅是地區聯兵旅，指揮官為少將缺，但未來將直屬於空軍司令部，層級拉高到指揮官編階中將的「軍級單位」，讓飛彈部隊成為「飛彈軍」，等於擴大編制，也加快空軍的防空應變流程。
軍事專家宋玉寧：「我覺得這只是一個指揮位階提高，事實上他並沒有辦法像軍種能夠獨立的運用。」
專家解釋，即使編階「飛彈軍」，但跟大陸火箭軍是陸海空軍之外的「第四軍種」比起來，程度還是有相當差別，而且空軍飛指部未來不只掌控愛三、弓三弓二、鷹式防空飛彈，甚至連戰術性的攻擊武器雄2E、地對地飛彈，也都歸給空軍使用。
軍事專家陳國銘：「其實這回歸到各軍種去掌管就好了，除非我們有研發中的秘密飛彈或者雲峰飛彈，不妨把這個當作祕密武器，交給高層掌握最好！」
飛指部歷經4次改制，這次的調整又牽動國軍兵力運用與戰略規劃。
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