總統蔡英文施政爭議頻傳，就連獨派人士也按捺不住，醞釀要求總統辭去黨主席，甚至還打算推動「台灣獨立公投」，刻意要向總統施壓。推動公投的台灣國創辦人王獻極就表示，他就是不滿總統的兩岸政策才出此下策，只是獨派不滿總統的原因只有這些嗎？據了解，無法特赦陳水扁以及老藍男內閣都是原因之一。
不管國事再忙，總統每週三固定還是會回到民進黨主持中常會，但總統身兼黨主席，現在卻讓獨派人士很有意見。據了解，一名獨派大老曾當面向總統表示「黨政要分立」，不應該一人兩邊都領導，這樣一定做不好，希望總統辭去黨主席。
台灣民意基金會董事長游盈隆：「獨派有這種聲音，我是覺得我可以理解，因為蔡英文總統維持現狀的政策，會使得某些比較強烈的獨派人士，覺得蔡英文可能在一些很重要的事情，4年內就不會去碰了。」
有人解讀獨派頻頻放話另有所圖，台灣國創辦人王獻極就公開表示不滿總統的兩岸政策，要推動台灣獨立公投，但公投成功率恐怕是微乎其微，另外老藍男內閣，還有外交部長拒絕推動加入聯合國，以及特赦陳水扁遲遲未有進展，這些都是讓獨派對蔡政府極度不開心的原因。
民進黨立委蔡適應：「等總統在政務和黨務都非常穩定的時候，這個情況之下，總統再把黨務放出來，交棒給下一個新時代，我覺得這才有必要性。」
獨派大老辜寬敏 (2016.10.22)：「蔡總統是一個很聰明的人，外面的反應是什麼樣的她會不知道嗎？難道還需要我來說？」
就算總統曾親自電話溝通，但獨派大老們談起林全內閣依舊抱怨連連，當初以為新總統上任後能大有突破，不過就職已經半年，內心想要的似乎一件事都還沒達成。
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