大選後政黨確定輪替，不過由於總統立委合併在1月選舉，但總統交接卻在5月20日，看守政府期間過長，因此政黨交接條例也成為目前藍綠兩黨攻防的主戰場，綠營急著讓交接條例盡速立法，但藍營卻認為是違憲，包括當選人辦公室要求調閱文書，被認為是干預現任政府決策，現任政府禁止人士調任、締結契約、停止爭議性政策等，也被認為是限縮政府職權。
新舊政府交接正式登場，19日在總統府書長曾永權，和民進黨秘書長吳釗燮一起開會，確認交接程序及內容。
總統府秘書長曾永權(02.19)：「馬總統再三地指示，卸任政府要深入的，深度的做確實的交接。」
民進黨秘書長吳釗燮(02.19)：「接下來我們非常重要的工作，就是要在未來這段期間進行更密切的溝通，以確保交接工作順利的進行。」
台灣雖然已經政黨輪替了三次，但交接條例卻延宕了16年遲遲沒有法制化，導致前面兩次交接的時候狀況頻頻，像是李扁只有口頭移交，前總統陳水扁曾在書中寫道，總統交接缺乏完整法令、制度、慣例，政權移交只是良心移交，還用「無知讓人恐懼」，來形容當時的狀況，而扁馬交接時爆出採購57台碎紙機，疑似銷毀密件和檔案不見的爭議。
台北大學公行政策系教授郝培芝：「它有個黃金時間(之前)320選舉到520(就任)，這兩個月如果沒有通過這個法律的話，一旦新的總統上任之後過了這黃金期，好像這個法制化的工作就被延宕下來了。」
民進黨大老林濁水認為，總統和行政院是兩個不同的憲法機關，應該要訂立兩個交接法案，目前政院及所屬部會，520交接草案分三階段，第一階段是準備期，第二階段開始交接起始會議，第三階段將依法規移交資料，在520當天交接完成，不過民進黨方面特別強調，「總統職務交接條例」立法的必要，不是行政院「交接作業實施要項」可以取代，行政院長張善政則認為，民進黨將交接條例與實施要項混為一談，兩者是完全不同層次。
東吳法律助理教授胡博硯：「想要透過一個交接條例來提早取得某些權力，而去限制說現任總統的權力，所以才會讓這個法律條文，變得那麼不單純。」
綠營急著讓交接條例盡速立法，但藍營卻認為是違憲，像是當選人辦公室要求調閱文書，被認為是干預現任政府決策，現任政府禁止人士調任、締結契約、停止爭議性政策等，也被認為是限縮政府職權，要求行政院各部會，提供重大政策、預算執行與相關業務，還要派人說明也有違反公務員服務法的疑慮，雖然朝野都有共識，政權交接法制化是有必要的，但要是如何規範。
台北大學公行政策系教授郝培芝：「在這個交接條例裡面當中，其實他是要確認，在這個過程當中他是一個看守的狀態，那麼我們的國政是可以持續地來延續，所以我們才會賦予一般來說會賦予總統國政與聞權，(交接條例)它是不管未來政黨輪替是誰，我們應該做一個長治久安，一個法制化的精神的設計，他不是為任何一個政黨所設計的。」
而學者認為在與聞國政和重大政策等是否喊停，等幾個細節必須再審視。
東吳法律助理教授胡博硯：「交接過程當中新的總統當選人，他的地位不明確的問題，新的交接小組法定地位是什麼，以及新任總統到底什麼會議可以去參加。」
輔大助理教授周偉航：「對國民黨來講，他也許也認同需要有一個交接條例，可是他不會單純的放你這條過，可能需要從這個立法過程中，拿回他們一些他們想要交換的法案。」
從這十幾年來台灣政壇的轉變來看，未來政黨輪替將成為常態，交接不能再依照過往的慣例必須要確實立法，不妨參考美國和法國的作法，在本會期盡速通過才是人民之福。
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