醫院不滿健保給付過低，多半會透過賺取藥價差，以及發展自費醫療市場來支撐營運。不過問題在於，醫院一直壓低向藥廠採購的價格、擴大利潤，最後造成的結果，就是國外原廠藥不願賣給醫院，讓用藥品質越來越差；前衛生署長楊志良也曾批評，醫院不斷發展自費醫療、購買高價器材，但盈餘卻不用來改善醫護人員福利，實在不合理。
彰化秀傳醫院總裁黃明和，去年涉嫌以人頭公司低價買進藥品，再高價轉賣自家醫院，詐領健保金額高達8.2億元，雖然檢方今年7月初偵結，以緩起訴處分，但這起案件，突顯醫界賺取藥價差的現象已經成為常態。
由於健保給付不足，不少醫院會採取「以藥補醫」的策略，也就是賺取藥品差價，支撐醫院開銷，舉例來說，某一種藥品健保支付價每顆10元，如果醫院採購量大、議價能力強，每顆藥的成本砍到只剩5元，中間多出來的5元就是藥價差。健保署統計，民國103年藥價調整前，醫學中心可賺取的藥價差超過20%，區域醫院和地區醫院約3成左右，診所和藥局更逼近4成，估計一年藥費1500億，藥價差就有200多億。
醫改會強調，並不反對藥價差，但多出來的利潤是用來改善醫護工作環境，還是落入私人口袋，這些都值得深究。
醫改會研究員沈珮涵：「這一些的藥它從藥廠出廠，到最後到醫療院所，到底這中間的一個價差，然後還有它的流向到底是什麼，那這樣的話就是透過一個一路亮到底的機制(藥品實價登錄)，然後我們可以去釐清說，這中間到底是不是有一個不合理的價差。」
不合理的藥價差，恐怕犧牲的還有用藥品質，健保署為了節省開銷，每兩年砍一次藥價給付，醫院為了賺差價，可能捨棄堅持不降價的原廠藥，改用更便宜的台廠藥；專家擔心，如果再讓醫院換藥下去，以後就算想自費，病人也買不到好的原廠藥了。
健保監督聯盟發言人滕西華：「為什麼(藥廠)它不用合法，有原料藥證的(成分)，就是因為前端的給付價格不但便宜，(醫院要求)價差又不斷地擴大，(藥廠)它只能尋求低成本(原料)，甚至國外的廠商沒有辦法負擔，這種不合理的高價差而退出台灣的市場，那目前已經可以知道，有幾個藥已經面臨缺藥的這種現象。」
醫院靠賺藥價差支撐營運，另一方面大量增加自費項目，也是賺錢的方法之一，根據推估，今年國人醫療支出將高達1兆1千億，扣掉健保給付6千億，等於民眾花在自費醫療的錢就將近5千億元，雖然有醫界人士認為，光做健保根本撐不下去，但現任台北市社會局局長許立民就曾指出，自費醫療恐將造成嚴重的醫療階級化。
健保監督聯盟發言人滕西：「雖然自費是一種發展趨勢，可是如果政府長期縱容醫療商品化，跟自費市場不斷地擴張，倒楣的就是我們這一些99%、95%的這些中產階級以下的新貧階級了。」
醫改會研究員沈珮涵：「(財團法人醫院)捐助成立的時候，它就已經是一個社會公共資產，它享有政府給它的一個免稅優惠，那它被期待的就是說，它能夠就是做一些社會公義的事情，如果說它無上限地去發展這些自費醫療的話，那其實它等於是說和它的宗旨，可能是相違背的一個狀況。」
醫院不滿健保給付過低，因此賺取藥價差以及發展自費醫療，就成了必要手段，但衍生的後果卻得由全民共同承擔。
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